中心于2001年9月经厦门市机构编制委员会批准成立，具独立法人资格的全民事业单位；2002年12月、2004年5月经卫生部人事司、卫生部职业技能鉴定指导中心同意设立卫生部人才交流服务中心厦门中心和职业技能鉴定指导中心厦门培训基地，并实行“三块牌子一套人马”，内设“五个部门”，行政隶属厦门市卫生局管理，业务工作接受卫生部人才交流服务中心和职业技能鉴定指导中心指导，承担卫生专业人才供求信息收集、整理、储存、发布和人事代理、人才交流、人才测评、人才开发与培训、职业技能培训与鉴定、职称考试与评审、卫生国际交流与合作、卫生经济研究与信息化建设等职责。
中心成立以来，坚持以“服务医疗卫生机构、服务卫生人才、服务闽西南卫生事业”为宗旨，倡导“以人为本、诚信为先、开拓创新、优质服务”精神，奉行管理创新、服务创新和机制创新，注重行政管理与业务制度、办事程序和“五公开”制度建设，开展了人才供求信息发布、人事代理、人才招聘、人才培训与素质测评、职称考试与评审、卫生国际交流与合作、卫生经济研究与信息化建设等业务。